第434章 刘仁轨
看着快步走到自己面前的刘浚，杜睿的一颗心猛地向下沉，该来的总是要来的，躲也躲不过，在来倭州之前，杜睿怎的都没想到，居然会有今天这一幕，可是现在的真实情况却是，这真的发生了。
刘浚走到杜睿的跟前一拱手，道：“末将刘浚见过大帅！”
杜睿看着刘浚，脸上带着高深莫测的笑容，道：“小将军来的真巧！”
刘浚如今不过十七八岁的年纪，初入军伍，杜睿在他的面前也的确有资格卖卖老，毕竟两人根本就不是同一等级的，杜睿贵为当朝国公，总参谋部部长，挂元帅衔，而刘浚不过是倭州都护府的一名校尉，上尉职衔。
刘浚的面色微微一变，在杜睿这个大唐战神的面前，他还是不禁有些胆怯，低头道：“家父得到密报，说是有倭人要对大帅不利，便遣末将前来护卫，没想到……末将来迟，让大帅受倭人惊扰，还请大帅恕罪！”
杜睿淡淡的一笑，看着刘浚道：“惊扰倒还没有，量这些倭人如何伤得了我，如今也没事了，小将军还是请回吧！”
“这个……”刘浚不禁一阵犹豫，咬了咬牙道，“大帅！如今近畿地方不太平，大帅还是速速回平安京的好！以免再被倭人有机可乘！若是大帅有所差池，家父恐担待不起！”
杜睿心中一声长叹道：“回平安京！？以本官看来不过是出了虎口，又如狼窝吧！”
刘浚闻言，面色顿时一阵惨败，额头上已经显出了细细的汗珠，咬着牙道：“大帅此言何意！？”
杜睿见都到了这个关头，刘浚还如此冥顽不灵，不禁有些怒了，冷笑一声道：“好大胆的刘仁轨，你当真以为你们父子所做的一切本官看不通透吗？”
刘浚被杜睿突然爆发出来的气势吓得一愣，忙道：“这个……大帅此言，末将不甚明了！”
“不甚明了！？”杜睿眼中精光爆射，怒道，“你们父子做得好大事，难道还想要瞒过本官吗？”
杜睿一怒，刘浚顿时被吓得浑身打颤，他从军以来，也在倭州和倭人多次厮杀，是经历过生死的，可是面对杜睿这等南征北战，东征西讨，在尸山里睡过觉，在血海之中洗过澡的沙场宿将，气势上完全被压制住了。
“大帅……大帅……末将……”刘浚被杜睿的气势所逼，连连后退，说话都不利索了。
杜睿也不再理会刘浚，昂然前行，站在了那一队唐军的面前，大声道：“你们难道也要跟着刘仁轨谋反作乱，做那大唐的叛逆吗？”
这些跟着刘浚一起来的唐军，都是刘仁轨的心腹，刘仁轨要做什么，他们虽然不甚明了，可是却也清楚一些，不过此时被杜睿点破，谋反的后果他们可是一清二楚，一时间也是惶恐不已。
“大帅……大帅恕罪啊！”一个唐军士兵实在是承受不住杜睿的威压，突然滚鞍落马，拜服于地，连连叩首哀求。
其余的唐军见状，也纷纷下马，跪在了地上，他们这些人都是当初跟随杜睿一起征伐倭国的唐军，在倭国灭国之后，便被杜睿留在了倭国担任戍卫职责的。
杜睿接着又看向了刘浚，寒着一张脸，道：“怎的？到了现在，难道你还是不肯说实话吗？”
刘浚也没想到事情会变成现在这个样子，方才他还想着要鱼死网破的，可是没想到杜睿一句话，就让这些他们父子百般拉拢的将士全都投降了。
见已经撕破了面皮，刘浚也就再顾不得那么多了，突然抽出了腰间的宝剑，指向了杜睿，大喊道：“我们父子就是要反，皇帝处事不公，我父于国有大功，却被闲置在这倭州，一待就是六年的光景，君不正，臣投外国，我父子有什么错！”
杜睿闻言，面色虽然依旧冷峻，可心中却不由得一痛，他想过刘仁轨会有怨言，可是却没想到刘仁轨有朝一日会因此而反，如今看来倒是他太想当然了，只想到了要保证倭州的安定，彻底断绝这个日后华夏的心腹大患，却没想到，一个人的忍耐力。
如果历史上没有他的出现，刘仁轨现在恐怕还在一个郎将的位子上蹉跎岁月，知道唐高宗征讨高句丽的时候，才异军突起，进入了高宗的视线，从此平步青云，扶摇直上。
而现在呢？
刘仁轨已经一跃成了大唐名将，征讨三韩，倭国之时立下了莫大的功勋，俨然已经成了大唐军界的一颗将星。
将一个大唐军界的将星放在倭岛数年，不得升迁，远离长安这个大唐的政治中心，确实有点儿流放的意思，可是这绝对不是刘仁轨父子因怨谋反的理由。
“住口！”杜睿怒喝道，“身为大唐军人，你的职责是保家卫国，守护大唐的疆土，你父子心中有怨恨，你们可知道就在大唐的南方海滨，婆罗洲上，当初本官率船队出海远洋之时，曾占据一处海岛，直到现在，那些忠勇的大唐将士依然驻守在那座海岛之上，到如今已经过去了十余载，和他们相比，你们有什么可抱怨的！”
方才气势还很盛，准备鱼死网破的刘浚顿时没了声响，无言以对，和那些十余年驻守海岛的唐军将士相比，他确实没什么可抱怨的。
倭州虽然落后，可却并不贫瘠，刘仁轨身为倭州都护府的大都护，俨然就是这里的土皇帝，皇帝给予了他这份信任，已经是殊为难得了。
杜睿接着又道：“你道你父亲对国有大功，本帅问你，和那些战死了的将士相比，你们父子如今所得到的一切，大唐可曾亏待了你们！”
杜睿这句话是对刘浚说的，同时也是对那些跟随刘浚一起来自的唐军将士说的，这番话说出来，那些唐军将士顿时无地自容，一个个跪倒在地上，连头都不敢抬。
他们也是鬼迷了心窍，被刘仁轨父子一阵蛊惑，昏了头，这才跟随刘仁轨父子，一起行那大逆不道之事，如今被杜睿点破，这些唐军将士也不由得想起了那些战死沙场的同袍弟兄，和他们相比，他们如今还能好生生的活在这世上，还有什么不满足的呢！
杜睿又道：“你们跟着刘仁轨父子谋反，所求不过是富贵，可是你们想过没有，刘仁轨如何是大唐的对手，即便你们事成，又能如何，你们的家眷都在中原，难道你们要他们一辈子都背负着一个反贼亲人的名头活下去吗？”
“大帅恕罪！”
那些唐军闻言，心中顿时一阵惊惧，连声哀求起来，他们也不过是被眼前的利益迷惑了心神，如今被杜睿一提醒，这才想起来，家人亲眷都在中原，一旦他们这边谋反，等待家人的将会是什么命运，可想而之。
大唐自杜睿变法以来，虽然废除了不少酷刑，可对于谋反大罪的惩罚，却是极为严厉的，一人谋反，三族尽诛，这个代价，他们谁都承受不起。
杜睿点了点头，道：“幸而尔等翻然悔悟，倒还不算晚，大错既然没有铸成，本官就暂且绕过你们，容你们戴罪立功！”
刘浚见杜睿连敲带打，轻而易举的就扭转了形势，心中也不由得一阵悲苦，颓然的低下了头。
杜睿见已经差不多了，手中的长剑一挥，将刘浚手中的剑打掉，喝了一声：“绑了！”
立刻便有飞虎军上前，将刘浚一脚踹翻在地，拿出绳索就绑缚起来，这些飞虎军的将士对于大唐都是极为忠诚的战士，对逆贼自然没有什么善待一说。
刘浚被带了下去，那些跟随而来的唐军，杜睿也全都交给了杜平生统领，事情已定，杜睿却没有一点儿高兴的模样，怅然的一声长叹。
刘仁轨居然会谋反，这是杜睿万万没有想到的，对刘仁轨，杜睿可是十分看重的，虽然如今历史的走向已经和原本完全不同，可从征三韩和征倭国这两阵，杜睿还是感觉到，刘仁轨并未因为历史的改变而泯然众人。
刘仁轨虽然是个文官，然他在历史上第一次发迹便是因为战功，在历史上的显庆五年，唐高宗为灭高句丽，决定先攻下百济，去其外援，然后再攻灭高句丽。
三月，唐高宗命左武卫大将军苏定方为神丘道行军大总管，率水陆大军十万出兵百济。八月，唐军平定百济，俘其国王及太子，在其地置熊津等五个都督府，并留郎将刘仁愿镇守百济府城。十二月，唐高宗命李世绩为辽东道行军大总管，发兵高句丽。
在这一战中，刘仁轨则统领水军，监督海运，负责后勤保障。
龙朔元年三月，唐命左卫中郎将王文度为熊津都督，安抚百济余众，不巧王文度于渡海时死去。百济僧人道琛及故将扶余福信拥众据周留城抗唐，又派人前往倭国迎回故王子扶余丰，立其为国王。
这时，倭国亦欲乘朝鲜半岛三国内乱之时，保住在高丽半岛上的势力，缓和国内的政治危机，遂派阿昙比罗夫率日军护送扶余丰回到百济。
苏定方归国以后，道琛与扶余福信引众围攻百济府城，刘仁愿遣使告急。唐高宗诏令刘仁轨为检校带方州刺史，领王文度部众，从近道征发新罗兵以救援刘仁愿。
刘仁轨听到这个消息，非常高兴，并说：“天将富贵此翁耳！”
于是选吉日而行，临行前，刘仁轨发誓：“拟削平辽海，颁示国家正朔，使夷俗遵奉焉。”
此次，是刚满六十岁的刘仁轨第一次带兵出征，鉴于没有作战经验，所以刘仁轨治军非常严明。率唐军转战而前，所向无敌。道琛率百济军在熊津江口立两道栅栏，抗拒唐军。刘仁轨率部与新罗兵四面夹击，大败百济军，士卒争入栅内，由于便桥狭窄，落水及被唐军所歼达万余人。道琛连失两栅，遂解除对刘仁愿的包围，退守任存城。道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，招兵买马，其势愈壮，对唐军构成威胁。刘仁轨见所率唐军兵少，便与刘仁愿合兵一处，养兵蓄锐。
这时，高宗又诏新罗出兵，援助刘仁轨。新罗王遂遣将军金钦率兵向百济府进发。行经古泗，遭受福信部阻击，金钦只得由葛岭道退回，由此不敢复出。不久，福信杀死道琛，兼并其众，专制政柄。
龙朔二年二月，唐平壤道行军总管苏定方久攻平壤不克，又值大雪，遂解围归国。唐高宗也认为不宜再战，便下诏书指示刘仁轨：“平壤军回，一城不可独固，宜拔就新罗，共其屯守。若金法敏藉卿等留镇，宜且停彼；若其不须，即宜泛海还也。”
唐军将士也皆欲西归，刘仁轨则客观、细致分析了敌我双方的形势，决定坚守百济，伺机出击。他说：“《春秋》之义，大夫出疆，有可以安社稷、便国家、专之可也。况在沧海之外，密迩豺狼者哉！且人臣进思尽忠，有死无贰，公家之利，知无不为。主上欲吞灭高丽，先诛百济，留兵镇守，制其心腹。虽妖孽充斥，而备预甚严，宜砺戈秣马，击其不意。彼既无备，何攻不克？战而有胜，士卒自安。然后分兵据险，开张形势，飞表闻上，更请兵船。朝廷知其有成，必当出师命将，声援才接，凶逆自歼。非直不弃成功，实亦永清海外。今平壤之军既回，熊津又拔，则百济余烬，不日更兴，高丽逋薮，何时可灭？且今以一城之地，居贼中心，如其失脚，即为亡虏。拔入新罗，又是坐客，脱不如意，悔不可追。况福信凶暴，残虐过甚，余丰猜惑，外合内离，鸱张共处，势必相害。唯宜坚守观变，乘便取之，不可动也。”
众将闻言，也觉得刘仁轨说得有理，皆相从。
时扶余丰与福信等也认为唐军孤城无援，即将撤退，还遣使探问：“大使等何时西还，当遣相送。”从此未加防备。
刘仁轨、刘仁愿知百济防卫松弛，遂七月趁其松懈，率部突袭，相继攻克支罗城及尹城、大山、沙井等栅，歼敌及俘获甚众，分兵守之。
福信等退守真岘城，凭借该城临江高险，又当冲要，严兵守卫。随后不久，刘仁轨伺其稍懈，率新罗兵夜至城下，驱众从四面攀草登城，天亮时占据真砚城，终于打通了从新罗运粮的道路。
刘仁愿遣使归国报捷，同时请求派兵增援。此时，唐高宗已得知倭国出兵增援百济，遂命熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师发淄、青、莱、海四州兵7000人开赴熊津。
福信等丢失真岘城后，处境日窘，又与扶余丰之间的猜忌与日俱增。福信遂装病不出，企图趁扶余丰前来问疾之时，伏兵杀之。不料此谋泄露，扶余奉便帅亲信袭杀福信，遣使分赴高丽、倭国，乞师援助。
龙朔三年，倭国天智天皇以援助百济为名，令倭将毛野稚子等倾举国精锐27000余人向新罗发起进攻，夺取了沙鼻歧，奴江二城，切断了唐军与新罗的联系。
九月，孙仁师率部抵达熊津，与刘仁轨、刘仁愿会师，唐军兵势大振。唐军立即召开军事会议，商讨下一步的作战计划。
会上有人认为“加林城水陆之冲，请先击之。”
但刘仁轨觉得此举不妥，并提出了自己的方案，他说：“加林险固，急攻则伤损战士，固守则用日持久，不如先攻周留城。周留，贼之巢穴，群凶所聚，除恶务本，须拔其源。若克周留，则诸城自下。”
此举得到唐军诸将的一至认可，于是于是唐军分为二路：刘仁愿、孙仁师和新罗王金法敏率陆军前进；刘仁轨则与部将杜爽、百济降将扶余隆率水军与粮船从熊津江入白江而下，和陆军会合，同趋周留城。
初八，孙仁师等在白江打败百济残余部队及倭兵，攻克周留城。由于周留告急，倭将庐原君臣率水军万余渡海而来，准备自白江口登陆。
刘仁轨率水军率先到达白江口，二十七日，倭国水军也从海上抵达白江口，两军遭遇。当时唐朝水军为7000余人，战船170艘。
倭国水军万余，战船1000多艘。倭军虽在数量在多于唐军，但大唐因国力强盛，经济发达，所造海船以形体高大、性能良好着称于世。所以唐朝水军的战船在数量上虽处于劣势，但在质量上却远胜倭国战船。
并于这次海战，史书记载非常简略，而后世的日本史书则记载较为详细。由于大唐水军先到达白江口，加上战船精良，刘仁轨遂采取疲敌之策，先抢占有利位置，列战船于白江严阵以待。倭军到后，率先发起进攻，结果不利而退。而唐军仍坚阵而守。
二十八日，日本诸将与百济王在首战败于唐水军后，仍盲目地高估自己的实力，错误地认为“我等争先，彼应自退”，于是未加整顿部署，不观天气变化，便“率日本乱伍中军之卒，进打大唐坚阵之军”。
刘仁轨见倭军来攻，充分利用唐军战船的优势，指挥水军将倭军的船只左右夹住，使其不得回旋，随后再施以火攻，一时“烟焰涨天，海水皆赤。”
经过激战，唐军四战四捷，取得了辉煌的胜利：焚毁倭军战船400多艘；击毙倭将朴市田来津；扶余丰趁乱逃奔高丽，其所佩宝剑被唐军缴获；王子扶余忠胜、扶余忠志和倭军残部投降；百济诸城全部归顺，百济再次得以平定，只有迟受信据守任存城不降。
白江口海战是中国古代战争史上一次大规模的海战，因中国史书记载有限，所以鲜为人知。作战中，刘仁轨指挥有方，在兵力不如对方的情况下，先采取守势，而后因势利导，以己之长攻敌之短，并辐以并火，最后取得了中日战争史上第一次大规模作战的胜利。
陆上倭军闻此讯，大惊不已，“相谓之曰：‘州柔（即周留）降矣，事无奈何。百济之名绝于今日，丘墓之所，岂可复往？’”
白江口海战的胜利，使唐军很快占领了百济全境，形成对高句丽的夹击态势。同时也粉碎了日本侵入朝鲜半岛的野心。日本天智天皇深恐唐军进攻本土，自公元664年开始，在国内耗费巨资，修筑了4道防线，以备唐军。
此前，百济首领沙吒相如、黑齿常之在平壤道行军总管苏定方回军后，招集亡散，各据险响应福信，白江口海战后，各率所部归降。
刘仁轨好言安慰他们，然后让其各自率军攻打任存城，并准备派唐军相助。孙仁师认为：“相如等兽心难信，若授以甲仗，是资寇兵也。”
刘仁轨却不以为然，说：“吾观相如、常之皆忠勇有谋，感恩之士，从我则成，背我必灭，因机立效，在于兹日，不须疑也。”
于是发给黑齿常之等粮食和武器，分兵相随，遂克任存城，迟受信抛弃家属，投奔高句丽。至此，百济皆平。
此时，唐高宗召刘仁愿、孙仁师回朝，令刘仁轨领兵镇守百济。百济经过多年的战乱，“合境凋残，僵尸相属”。
为此，刘仁轨采取一系列措施，来安定民心，恢复社会秩序，掩埋骸骨，登记户口，任命官长，治理村落，修路架桥，修补堤堰，恢复陂塘，督促百姓种田养蚕，赈济百姓，赡养孤老。很快便医治了战争所带来的创伤，使百姓安居乐业起来。然后刘仁轨又屯田积粮，训练士卒，做好攻打高句丽的准备。
刘仁愿回到京城后，唐高宗问道：“卿在海东，前后奏请，皆合事宜，而雅有文理。卿本武将，何得然也？”
刘仁愿据实回答说：“刘仁轨之词，非臣所及也。”
唐高宗闻后非常高兴，给刘仁轨晋升六级官阶，正式任命为带方州刺史，并为他在长安建第，厚赏家属。
刘仁轨留守百济，在暂时放下军事领导权的同时，很快就发挥了自己在政治上的见底，他首先发现唐军就存在着许多问题，如将士思归、士气低落、军队的战斗力和后勤保障也非常差。经过一段时间细致的调查，刘仁轨找到了原因，然后于麟德元年十月初六上书唐高宗：
“臣蒙陛下曲垂天奖，弃瑕录用，授之刺举，又加连率。材轻职重，忧责更深，常思报效，冀酬万一，智力浅短，淹滞无成。久在海外，每从征役，军旅之事，实有所闻。具状封奏，伏愿详察。臣看见在兵募，手脚沉重者多，勇健奋发者少，兼有老弱，衣服单寒，唯望西归，无心展效。臣问：‘往在海西，见百姓人人投募，争欲征行，乃有不用官物，请自办衣粮，投名义征。何因今日募兵，如此伫弱？’皆报臣云：‘今日官府，与往日不同，人心又别。贞观、永徽年中，东西征役，身死王事者，并蒙敕使吊祭，追赠官职，亦有回亡者官爵与其子弟。从显庆五年以后，征役身死，更不借问。往前渡辽海者，即得一转勋官；从显庆五年以后，频经渡海，不被记录。州县发遣兵募，人身少壮、家有钱财、参逐官府者，东西藏避，并即得脱；无钱参逐者，虽是老弱，推背即来。显庆五年，破百济勋，及向平壤苦战勋，当时军将号令，并言与高官重赏，百方购募，无种不道。洎到西岸，唯闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，求住不得，公私困弊，不可言尽。发海西之日，已有自害逃走，非独海外始逃。又为征役，蒙授勋级，将为荣宠，频年征役，唯取勋官，牵挽辛苦，与白丁无别。百姓不愿征行，特由于此。‘陛下再兴兵马，平定百济，留兵镇守，经略高丽。百姓有如此议论，若为成就功业？臣闻琴瑟不调，改而更张，布政施化，随时取适。自非重赏明罚，何以成功？臣又问：‘见在兵募，旧留镇五年，尚得支济；尔等始经一年，何因如此单露？’并报臣道：‘发家来日，唯遣作一年装束，自从离家，已经二年。在朝阳瓮津，又遣来去运粮，涉海遭风，多有漂失。’臣勘责见在兵募，衣裳单露，不堪度冬者，给大军还日所留衣裳，且得一冬充事。来年秋后，更无准拟。陛下若欲殄灭高丽，不可弃百济土地。余丰在北，余勇在南，百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦相影响，若无兵马，还成一国。既须镇压，又置屯田，事藉兵士，同心同德。兵士既有此议，不可胶柱因循，须还其渡海官勋及平百济向平壤功效。除此之外，更相褒赏，明敕慰劳，以起兵募之心。若依今日以前布置，臣恐师老且疲，无所成就。臣又见晋代平吴，史籍具载。内有武帝、张华，外有羊祜、杜预，筹谋策画，经纬咨询。王浚之徒，折冲万里，楼船战舰，已到石头。贾充、王浑之辈，犹欲斩张华以谢天下。武帝报云：‘平吴之计，出自朕意，张华同朕见耳，非其本心。’是非不同，乖乱如此。平吴之后，犹欲苦绳王浚，赖武帝拥护，始得保全。不逢武帝圣明，王浚不存首领。臣每读其书，未尝不抚心长叹。伏惟陛下既得百济，欲取高丽，须外内同心，上下齐奋，举无遗策，始可成功。百姓既有此议，更宜改调。臣恐是逆耳之事，无人为陛下尽言。自顾老病日侵，残生讵几？奄忽长逝，衔恨九泉，所以披露肝胆，昧死闻奏。”
刘仁轨在文中陈述了唐军现在招募兵役中存在的问题，并详细分析了其中的利弊。认为府兵制和临时募兵制都不能适应国家的军事需要，如果突然发生战争，大唐将是没有兵备的国家，一蹴而倒的危险是存在的。
唐高宗见到奏章后，非常重视，立即派刘仁愿率兵渡海，接替刘仁轨及所部回国。但刘仁轨却不同意立即回国，并说明了自己的理由，他说：“国家悬军海外，欲以经略高句丽，其事非易。今收获未毕，而军吏与士卒一时代去，军将又归。夷人新服，众心未安，必将生变。不如且留旧兵，渐令收获，办具资粮，节级遣还；军将且留镇抚，未可还也。”
但刘仁愿却说：“吾前还海西，大遭谗谤，云吾多留兵众，谋据海东，几不免祸。今日唯知准敕，岂敢擅有所为！”
刘仁轨气愤地说：“人臣苟利于国，知无不为，岂恤其私！”
随后，刘仁轨再次上表陈述自己的理由，肯请留下继续镇守百济，并请求任命扶余隆为熊津都督，招抚其众。这些都得到了唐高宗的认可。
刘仁轨不单单在政治，军事上颇有见地，而且还为人刚正，常常犯言直谏，在唐高宗后期，武则天操纵朝政。弘道元年十二月，唐高宗病卒，武则天亲政。刘仁轨做为前朝元老，被加授特进。弘道元年十二月二十一日，刘仁轨再次出任尚书左仆射、同中书门下三品。
光宅元年二月初八，武则天废皇太孙李重照为平民，令刘仁轨专门主管西京留守事务。并写信给刘仁轨说：“昔汉以关中事委萧何，今托公亦犹是矣。”
刘仁轨见武则天临朝后，独断专行，于是便以年老体衰为由进行推辞。同时还陈述汉朝吕后祸败的事实，以此规谏对武则天。武则天见是刘仁轨规劝自己，知他年老体衰，不会有太大作为，便派秘书监武承嗣去抚慰他，并说：“今日以皇帝谅暗不言，眇身且代亲政。远劳劝诫，复表辞衰疾，怪望既多，徊徨失据。又云‘吕后见嗤于后代，禄、产贻祸于汉朝’，引喻良深，愧慰交集。公忠贞之操，终始不渝；劲直之风，古今罕比。初闻此语，能不罔然；静而思之，是为龟镜。且端揆之任，仪刑百辟，况公先朝旧德，遐迩具瞻。愿以匡救为怀，无以暮年致请。”
不但没有责备刘仁轨，不久，还将刘仁轨的爵位进封到了郡公。
此时的刘仁轨知道武则天势大，没有与她发生冲突，有时还为武则天做事。如裴炎入狱后，郎将姜嗣宗自洛阳出使长安，刘仁轨问他洛阳的情况如何，姜嗣宗说：“嗣宗觉裴炎有异于常久矣。”仁轨曰：“使人觉之邪？”曰：“然。”刘仁轨于是说：“仁轨有奏事，愿附使人以闻。”姜嗣宗很爽快的答应了，第二天，姜嗣宗带着刘仁轨的奏章返回洛阳，结果奏章中说的是“嗣宗知裴炎反不言。”武则天看后，将姜嗣宗绞死。
垂拱元年，武则天改革官制，刘仁轨改任文昌左相、同凤阁鸾台三品。正月二十二日，刘仁轨因病去世，享年八十五岁。武则天停朝三日，让京城中的各级官员，依次前去吊唁，并追赠开府仪同三司、并州大都督，陪葬乾陵，赐其家实封三百户。
刘仁轨出身贫寒，后虽身居显位，但从不矜倨。每次接见年轻时的旧友，都是穿着很朴素的衣服。当年任陈仓尉时，相工袁天纲曾对刘仁轨说：“君终当位邻台辅，年将九十。”后果如其言。
历史上的刘仁轨素以儒将称着，当时唯裴行俭能与其相比。史书称：“昔晋侯选任将帅，取其说《礼》《乐》而敦《诗》《书》，良有以也。夫权谋方略，兵家之大经，邦国系之以存亡，政令因之而强弱，则冯众怙力，豨勇虎暴者，安可轻言推毂授任哉！故王猛、诸葛亮振起穷巷，驱驾豪杰，左指右顾，廓定霸图，非他道也，盖智力权变，适当其用耳。刘乐城、裴闻喜，文雅方略，无谢昔贤，治戎安边，绰有心术，儒将之雄者也。”
虽然史书上，因为刘仁轨晚年之时服从武则天，对他的评价不算很高，但是杜睿却对这个华夏历史上，在战场之上第一个击败倭人的将军，分外推崇。
刘仁轨虽身为文官，但在古稀之年仍能为国家建功立业，非常难能可贵。白江口海战的胜利，也使刘仁轨成为中国战争史上为数不多海军名将。在与高丽、百济的战争中，大唐统治者对东征将领可谓精加选择，充分发挥了这些军事将领的指挥和作战才能。如薛仁贵“勇冠三军”，庞同善“持军严整”，高侃“勤俭自处，忠果有谋”，契苾何力“沉毅能断”、“有统御之才”，李绩“夙夜小心，忘身忧国”等，都是唐军将帅中的佼佼者。
而刘仁轨则更要高出一畴，他不但智勇双全，而且有较高的政治才能，虽然孤立百济，却能使当地百姓“大悦”，使自己立于不败之地，为战争的最后胜利起了重要作用。
可就是这个刘仁轨，就是这个被杜睿从一介不如品级的督粮小官，一下子提拔成副帅的人，如今居然因为心怀愤懑，要起兵谋反，回顾一下历史上那个文武双全，刚正不阿的刘仁轨，杜睿都怀疑，这两者是不是同一人。
在杜睿的计划中，刘仁轨可是占着很重分量的，如今大唐在平定了吐蕃之后，又将主要的精力转移到了中南半岛之上，但是在那之后，经略海外，可就是重中之重了，到那个时候，刘仁轨这个华夏历史上的第一位海军名将，还能没有用武之地。
可是如今刘仁轨居然要谋反，杜睿一想到这个，心中又是愤怒，又是悲伤，一个大唐的英雄，居然会为了名爵上的那点儿小事，选择谋反这条路，当真可悲可叹。
“睿郎！”
方才发生的一切，让汝南公主等人都是心怀惊惧，此时见局面已经被控制住了，这才上前，担心的问道：“睿郎！可是刘仁轨要谋逆！？”
杜睿没有回答汝南公主，而是看向了李治，道：“这就要问李公子了！”
李治被杜睿的眼神一打量，倒也不心虚，坦然道：“你说的不错，那刘仁轨确实曾向我暗示过，不过我以为他是得了你的授意，才来试探我的，谁知道他居然这么大的胆子！”
杜睿并不怀疑李治的话，闻言也没有再逼问什么，只是无所谓的一笑。
一旁的安康公主急道：“坏了！？睿郎！元春和孩子们！他们……”
杜睿一笑道：“不用担心，元春他们我都已经安排好了，想来此时已经到了船上，安全不用担心！”
杜睿做事一向谋定而后动，刚一到倭州，他就预感到了事情不妙，纵然后来知道那个天草四郎是个和他一样的重生者，可大唐在倭州驻守着十万大军，莫说是天草四郎这么个没有金手指，没开外挂的穿越众，即便是开了逆天修改器的，刘仁轨也不大可能剿灭不了，那么接下来唯一的解释自然就是刘仁轨养贼自重，别有所图。
杜睿既然已经怀疑到了刘仁轨的身上，自然不能拿着自己和家人的身家性命开玩笑，他这边随杜云莲到了李治的居所，另一边，元春等人则在四百飞虎军的护卫之下前往了冯茗的水军驻地。
杜睿则以身为饵，到底要看看刘仁轨打什么注意，果然和他想的不差，刘仁轨居然想着借倭人的手取他的性命，若是刘仁轨没有歹心的话，倭州多大的地方，近畿这里甚至比不得大唐的一个州，刘仁轨在倭州经营多年，怎么会不能及时发现有倭人要对他不利。
安康公主闻言，这才放心了些，接着又道：“睿郎！如今倭州，刘仁轨势大，到处都是他的人，我们该如何是好！”
杜睿一笑，道：“哪里是他的人，这些军士都是大唐军人，他们生是大唐的人，死是大唐的忠魂，可不是哪一家的私兵！”
刘浚走到杜睿的跟前一拱手，道：“末将刘浚见过大帅！”
杜睿看着刘浚，脸上带着高深莫测的笑容，道：“小将军来的真巧！”
刘浚如今不过十七八岁的年纪，初入军伍，杜睿在他的面前也的确有资格卖卖老，毕竟两人根本就不是同一等级的，杜睿贵为当朝国公，总参谋部部长，挂元帅衔，而刘浚不过是倭州都护府的一名校尉，上尉职衔。
刘浚的面色微微一变，在杜睿这个大唐战神的面前，他还是不禁有些胆怯，低头道：“家父得到密报，说是有倭人要对大帅不利，便遣末将前来护卫，没想到……末将来迟，让大帅受倭人惊扰，还请大帅恕罪！”
杜睿淡淡的一笑，看着刘浚道：“惊扰倒还没有，量这些倭人如何伤得了我，如今也没事了，小将军还是请回吧！”
“这个……”刘浚不禁一阵犹豫，咬了咬牙道，“大帅！如今近畿地方不太平，大帅还是速速回平安京的好！以免再被倭人有机可乘！若是大帅有所差池，家父恐担待不起！”
杜睿心中一声长叹道：“回平安京！？以本官看来不过是出了虎口，又如狼窝吧！”
刘浚闻言，面色顿时一阵惨败，额头上已经显出了细细的汗珠，咬着牙道：“大帅此言何意！？”
杜睿见都到了这个关头，刘浚还如此冥顽不灵，不禁有些怒了，冷笑一声道：“好大胆的刘仁轨，你当真以为你们父子所做的一切本官看不通透吗？”
刘浚被杜睿突然爆发出来的气势吓得一愣，忙道：“这个……大帅此言，末将不甚明了！”
“不甚明了！？”杜睿眼中精光爆射，怒道，“你们父子做得好大事，难道还想要瞒过本官吗？”
杜睿一怒，刘浚顿时被吓得浑身打颤，他从军以来，也在倭州和倭人多次厮杀，是经历过生死的，可是面对杜睿这等南征北战，东征西讨，在尸山里睡过觉，在血海之中洗过澡的沙场宿将，气势上完全被压制住了。
“大帅……大帅……末将……”刘浚被杜睿的气势所逼，连连后退，说话都不利索了。
杜睿也不再理会刘浚，昂然前行，站在了那一队唐军的面前，大声道：“你们难道也要跟着刘仁轨谋反作乱，做那大唐的叛逆吗？”
这些跟着刘浚一起来的唐军，都是刘仁轨的心腹，刘仁轨要做什么，他们虽然不甚明了，可是却也清楚一些，不过此时被杜睿点破，谋反的后果他们可是一清二楚，一时间也是惶恐不已。
“大帅……大帅恕罪啊！”一个唐军士兵实在是承受不住杜睿的威压，突然滚鞍落马，拜服于地，连连叩首哀求。
其余的唐军见状，也纷纷下马，跪在了地上，他们这些人都是当初跟随杜睿一起征伐倭国的唐军，在倭国灭国之后，便被杜睿留在了倭国担任戍卫职责的。
杜睿接着又看向了刘浚，寒着一张脸，道：“怎的？到了现在，难道你还是不肯说实话吗？”
刘浚也没想到事情会变成现在这个样子，方才他还想着要鱼死网破的，可是没想到杜睿一句话，就让这些他们父子百般拉拢的将士全都投降了。
见已经撕破了面皮，刘浚也就再顾不得那么多了，突然抽出了腰间的宝剑，指向了杜睿，大喊道：“我们父子就是要反，皇帝处事不公，我父于国有大功，却被闲置在这倭州，一待就是六年的光景，君不正，臣投外国，我父子有什么错！”
杜睿闻言，面色虽然依旧冷峻，可心中却不由得一痛，他想过刘仁轨会有怨言，可是却没想到刘仁轨有朝一日会因此而反，如今看来倒是他太想当然了，只想到了要保证倭州的安定，彻底断绝这个日后华夏的心腹大患，却没想到，一个人的忍耐力。
如果历史上没有他的出现，刘仁轨现在恐怕还在一个郎将的位子上蹉跎岁月，知道唐高宗征讨高句丽的时候，才异军突起，进入了高宗的视线，从此平步青云，扶摇直上。
而现在呢？
刘仁轨已经一跃成了大唐名将，征讨三韩，倭国之时立下了莫大的功勋，俨然已经成了大唐军界的一颗将星。
将一个大唐军界的将星放在倭岛数年，不得升迁，远离长安这个大唐的政治中心，确实有点儿流放的意思，可是这绝对不是刘仁轨父子因怨谋反的理由。
“住口！”杜睿怒喝道，“身为大唐军人，你的职责是保家卫国，守护大唐的疆土，你父子心中有怨恨，你们可知道就在大唐的南方海滨，婆罗洲上，当初本官率船队出海远洋之时，曾占据一处海岛，直到现在，那些忠勇的大唐将士依然驻守在那座海岛之上，到如今已经过去了十余载，和他们相比，你们有什么可抱怨的！”
方才气势还很盛，准备鱼死网破的刘浚顿时没了声响，无言以对，和那些十余年驻守海岛的唐军将士相比，他确实没什么可抱怨的。
倭州虽然落后，可却并不贫瘠，刘仁轨身为倭州都护府的大都护，俨然就是这里的土皇帝，皇帝给予了他这份信任，已经是殊为难得了。
杜睿接着又道：“你道你父亲对国有大功，本帅问你，和那些战死了的将士相比，你们父子如今所得到的一切，大唐可曾亏待了你们！”
杜睿这句话是对刘浚说的，同时也是对那些跟随刘浚一起来自的唐军将士说的，这番话说出来，那些唐军将士顿时无地自容，一个个跪倒在地上，连头都不敢抬。
他们也是鬼迷了心窍，被刘仁轨父子一阵蛊惑，昏了头，这才跟随刘仁轨父子，一起行那大逆不道之事，如今被杜睿点破，这些唐军将士也不由得想起了那些战死沙场的同袍弟兄，和他们相比，他们如今还能好生生的活在这世上，还有什么不满足的呢！
杜睿又道：“你们跟着刘仁轨父子谋反，所求不过是富贵，可是你们想过没有，刘仁轨如何是大唐的对手，即便你们事成，又能如何，你们的家眷都在中原，难道你们要他们一辈子都背负着一个反贼亲人的名头活下去吗？”
“大帅恕罪！”
那些唐军闻言，心中顿时一阵惊惧，连声哀求起来，他们也不过是被眼前的利益迷惑了心神，如今被杜睿一提醒，这才想起来，家人亲眷都在中原，一旦他们这边谋反，等待家人的将会是什么命运，可想而之。
大唐自杜睿变法以来，虽然废除了不少酷刑，可对于谋反大罪的惩罚，却是极为严厉的，一人谋反，三族尽诛，这个代价，他们谁都承受不起。
杜睿点了点头，道：“幸而尔等翻然悔悟，倒还不算晚，大错既然没有铸成，本官就暂且绕过你们，容你们戴罪立功！”
刘浚见杜睿连敲带打，轻而易举的就扭转了形势，心中也不由得一阵悲苦，颓然的低下了头。
杜睿见已经差不多了，手中的长剑一挥，将刘浚手中的剑打掉，喝了一声：“绑了！”
立刻便有飞虎军上前，将刘浚一脚踹翻在地，拿出绳索就绑缚起来，这些飞虎军的将士对于大唐都是极为忠诚的战士，对逆贼自然没有什么善待一说。
刘浚被带了下去，那些跟随而来的唐军，杜睿也全都交给了杜平生统领，事情已定，杜睿却没有一点儿高兴的模样，怅然的一声长叹。
刘仁轨居然会谋反，这是杜睿万万没有想到的，对刘仁轨，杜睿可是十分看重的，虽然如今历史的走向已经和原本完全不同，可从征三韩和征倭国这两阵，杜睿还是感觉到，刘仁轨并未因为历史的改变而泯然众人。
刘仁轨虽然是个文官，然他在历史上第一次发迹便是因为战功，在历史上的显庆五年，唐高宗为灭高句丽，决定先攻下百济，去其外援，然后再攻灭高句丽。
三月，唐高宗命左武卫大将军苏定方为神丘道行军大总管，率水陆大军十万出兵百济。八月，唐军平定百济，俘其国王及太子，在其地置熊津等五个都督府，并留郎将刘仁愿镇守百济府城。十二月，唐高宗命李世绩为辽东道行军大总管，发兵高句丽。
在这一战中，刘仁轨则统领水军，监督海运，负责后勤保障。
龙朔元年三月，唐命左卫中郎将王文度为熊津都督，安抚百济余众，不巧王文度于渡海时死去。百济僧人道琛及故将扶余福信拥众据周留城抗唐，又派人前往倭国迎回故王子扶余丰，立其为国王。
这时，倭国亦欲乘朝鲜半岛三国内乱之时，保住在高丽半岛上的势力，缓和国内的政治危机，遂派阿昙比罗夫率日军护送扶余丰回到百济。
苏定方归国以后，道琛与扶余福信引众围攻百济府城，刘仁愿遣使告急。唐高宗诏令刘仁轨为检校带方州刺史，领王文度部众，从近道征发新罗兵以救援刘仁愿。
刘仁轨听到这个消息，非常高兴，并说：“天将富贵此翁耳！”
于是选吉日而行，临行前，刘仁轨发誓：“拟削平辽海，颁示国家正朔，使夷俗遵奉焉。”
此次，是刚满六十岁的刘仁轨第一次带兵出征，鉴于没有作战经验，所以刘仁轨治军非常严明。率唐军转战而前，所向无敌。道琛率百济军在熊津江口立两道栅栏，抗拒唐军。刘仁轨率部与新罗兵四面夹击，大败百济军，士卒争入栅内，由于便桥狭窄，落水及被唐军所歼达万余人。道琛连失两栅，遂解除对刘仁愿的包围，退守任存城。道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，招兵买马，其势愈壮，对唐军构成威胁。刘仁轨见所率唐军兵少，便与刘仁愿合兵一处，养兵蓄锐。
这时，高宗又诏新罗出兵，援助刘仁轨。新罗王遂遣将军金钦率兵向百济府进发。行经古泗，遭受福信部阻击，金钦只得由葛岭道退回，由此不敢复出。不久，福信杀死道琛，兼并其众，专制政柄。
龙朔二年二月，唐平壤道行军总管苏定方久攻平壤不克，又值大雪，遂解围归国。唐高宗也认为不宜再战，便下诏书指示刘仁轨：“平壤军回，一城不可独固，宜拔就新罗，共其屯守。若金法敏藉卿等留镇，宜且停彼；若其不须，即宜泛海还也。”
唐军将士也皆欲西归，刘仁轨则客观、细致分析了敌我双方的形势，决定坚守百济，伺机出击。他说：“《春秋》之义，大夫出疆，有可以安社稷、便国家、专之可也。况在沧海之外，密迩豺狼者哉！且人臣进思尽忠，有死无贰，公家之利，知无不为。主上欲吞灭高丽，先诛百济，留兵镇守，制其心腹。虽妖孽充斥，而备预甚严，宜砺戈秣马，击其不意。彼既无备，何攻不克？战而有胜，士卒自安。然后分兵据险，开张形势，飞表闻上，更请兵船。朝廷知其有成，必当出师命将，声援才接，凶逆自歼。非直不弃成功，实亦永清海外。今平壤之军既回，熊津又拔，则百济余烬，不日更兴，高丽逋薮，何时可灭？且今以一城之地，居贼中心，如其失脚，即为亡虏。拔入新罗，又是坐客，脱不如意，悔不可追。况福信凶暴，残虐过甚，余丰猜惑，外合内离，鸱张共处，势必相害。唯宜坚守观变，乘便取之，不可动也。”
众将闻言，也觉得刘仁轨说得有理，皆相从。
时扶余丰与福信等也认为唐军孤城无援，即将撤退，还遣使探问：“大使等何时西还，当遣相送。”从此未加防备。
刘仁轨、刘仁愿知百济防卫松弛，遂七月趁其松懈，率部突袭，相继攻克支罗城及尹城、大山、沙井等栅，歼敌及俘获甚众，分兵守之。
福信等退守真岘城，凭借该城临江高险，又当冲要，严兵守卫。随后不久，刘仁轨伺其稍懈，率新罗兵夜至城下，驱众从四面攀草登城，天亮时占据真砚城，终于打通了从新罗运粮的道路。
刘仁愿遣使归国报捷，同时请求派兵增援。此时，唐高宗已得知倭国出兵增援百济，遂命熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师发淄、青、莱、海四州兵7000人开赴熊津。
福信等丢失真岘城后，处境日窘，又与扶余丰之间的猜忌与日俱增。福信遂装病不出，企图趁扶余丰前来问疾之时，伏兵杀之。不料此谋泄露，扶余奉便帅亲信袭杀福信，遣使分赴高丽、倭国，乞师援助。
龙朔三年，倭国天智天皇以援助百济为名，令倭将毛野稚子等倾举国精锐27000余人向新罗发起进攻，夺取了沙鼻歧，奴江二城，切断了唐军与新罗的联系。
九月，孙仁师率部抵达熊津，与刘仁轨、刘仁愿会师，唐军兵势大振。唐军立即召开军事会议，商讨下一步的作战计划。
会上有人认为“加林城水陆之冲，请先击之。”
但刘仁轨觉得此举不妥，并提出了自己的方案，他说：“加林险固，急攻则伤损战士，固守则用日持久，不如先攻周留城。周留，贼之巢穴，群凶所聚，除恶务本，须拔其源。若克周留，则诸城自下。”
此举得到唐军诸将的一至认可，于是于是唐军分为二路：刘仁愿、孙仁师和新罗王金法敏率陆军前进；刘仁轨则与部将杜爽、百济降将扶余隆率水军与粮船从熊津江入白江而下，和陆军会合，同趋周留城。
初八，孙仁师等在白江打败百济残余部队及倭兵，攻克周留城。由于周留告急，倭将庐原君臣率水军万余渡海而来，准备自白江口登陆。
刘仁轨率水军率先到达白江口，二十七日，倭国水军也从海上抵达白江口，两军遭遇。当时唐朝水军为7000余人，战船170艘。
倭国水军万余，战船1000多艘。倭军虽在数量在多于唐军，但大唐因国力强盛，经济发达，所造海船以形体高大、性能良好着称于世。所以唐朝水军的战船在数量上虽处于劣势，但在质量上却远胜倭国战船。
并于这次海战，史书记载非常简略，而后世的日本史书则记载较为详细。由于大唐水军先到达白江口，加上战船精良，刘仁轨遂采取疲敌之策，先抢占有利位置，列战船于白江严阵以待。倭军到后，率先发起进攻，结果不利而退。而唐军仍坚阵而守。
二十八日，日本诸将与百济王在首战败于唐水军后，仍盲目地高估自己的实力，错误地认为“我等争先，彼应自退”，于是未加整顿部署，不观天气变化，便“率日本乱伍中军之卒，进打大唐坚阵之军”。
刘仁轨见倭军来攻，充分利用唐军战船的优势，指挥水军将倭军的船只左右夹住，使其不得回旋，随后再施以火攻，一时“烟焰涨天，海水皆赤。”
经过激战，唐军四战四捷，取得了辉煌的胜利：焚毁倭军战船400多艘；击毙倭将朴市田来津；扶余丰趁乱逃奔高丽，其所佩宝剑被唐军缴获；王子扶余忠胜、扶余忠志和倭军残部投降；百济诸城全部归顺，百济再次得以平定，只有迟受信据守任存城不降。
白江口海战是中国古代战争史上一次大规模的海战，因中国史书记载有限，所以鲜为人知。作战中，刘仁轨指挥有方，在兵力不如对方的情况下，先采取守势，而后因势利导，以己之长攻敌之短，并辐以并火，最后取得了中日战争史上第一次大规模作战的胜利。
陆上倭军闻此讯，大惊不已，“相谓之曰：‘州柔（即周留）降矣，事无奈何。百济之名绝于今日，丘墓之所，岂可复往？’”
白江口海战的胜利，使唐军很快占领了百济全境，形成对高句丽的夹击态势。同时也粉碎了日本侵入朝鲜半岛的野心。日本天智天皇深恐唐军进攻本土，自公元664年开始，在国内耗费巨资，修筑了4道防线，以备唐军。
此前，百济首领沙吒相如、黑齿常之在平壤道行军总管苏定方回军后，招集亡散，各据险响应福信，白江口海战后，各率所部归降。
刘仁轨好言安慰他们，然后让其各自率军攻打任存城，并准备派唐军相助。孙仁师认为：“相如等兽心难信，若授以甲仗，是资寇兵也。”
刘仁轨却不以为然，说：“吾观相如、常之皆忠勇有谋，感恩之士，从我则成，背我必灭，因机立效，在于兹日，不须疑也。”
于是发给黑齿常之等粮食和武器，分兵相随，遂克任存城，迟受信抛弃家属，投奔高句丽。至此，百济皆平。
此时，唐高宗召刘仁愿、孙仁师回朝，令刘仁轨领兵镇守百济。百济经过多年的战乱，“合境凋残，僵尸相属”。
为此，刘仁轨采取一系列措施，来安定民心，恢复社会秩序，掩埋骸骨，登记户口，任命官长，治理村落，修路架桥，修补堤堰，恢复陂塘，督促百姓种田养蚕，赈济百姓，赡养孤老。很快便医治了战争所带来的创伤，使百姓安居乐业起来。然后刘仁轨又屯田积粮，训练士卒，做好攻打高句丽的准备。
刘仁愿回到京城后，唐高宗问道：“卿在海东，前后奏请，皆合事宜，而雅有文理。卿本武将，何得然也？”
刘仁愿据实回答说：“刘仁轨之词，非臣所及也。”
唐高宗闻后非常高兴，给刘仁轨晋升六级官阶，正式任命为带方州刺史，并为他在长安建第，厚赏家属。
刘仁轨留守百济，在暂时放下军事领导权的同时，很快就发挥了自己在政治上的见底，他首先发现唐军就存在着许多问题，如将士思归、士气低落、军队的战斗力和后勤保障也非常差。经过一段时间细致的调查，刘仁轨找到了原因，然后于麟德元年十月初六上书唐高宗：
“臣蒙陛下曲垂天奖，弃瑕录用，授之刺举，又加连率。材轻职重，忧责更深，常思报效，冀酬万一，智力浅短，淹滞无成。久在海外，每从征役，军旅之事，实有所闻。具状封奏，伏愿详察。臣看见在兵募，手脚沉重者多，勇健奋发者少，兼有老弱，衣服单寒，唯望西归，无心展效。臣问：‘往在海西，见百姓人人投募，争欲征行，乃有不用官物，请自办衣粮，投名义征。何因今日募兵，如此伫弱？’皆报臣云：‘今日官府，与往日不同，人心又别。贞观、永徽年中，东西征役，身死王事者，并蒙敕使吊祭，追赠官职，亦有回亡者官爵与其子弟。从显庆五年以后，征役身死，更不借问。往前渡辽海者，即得一转勋官；从显庆五年以后，频经渡海，不被记录。州县发遣兵募，人身少壮、家有钱财、参逐官府者，东西藏避，并即得脱；无钱参逐者，虽是老弱，推背即来。显庆五年，破百济勋，及向平壤苦战勋，当时军将号令，并言与高官重赏，百方购募，无种不道。洎到西岸，唯闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，求住不得，公私困弊，不可言尽。发海西之日，已有自害逃走，非独海外始逃。又为征役，蒙授勋级，将为荣宠，频年征役，唯取勋官，牵挽辛苦，与白丁无别。百姓不愿征行，特由于此。‘陛下再兴兵马，平定百济，留兵镇守，经略高丽。百姓有如此议论，若为成就功业？臣闻琴瑟不调，改而更张，布政施化，随时取适。自非重赏明罚，何以成功？臣又问：‘见在兵募，旧留镇五年，尚得支济；尔等始经一年，何因如此单露？’并报臣道：‘发家来日，唯遣作一年装束，自从离家，已经二年。在朝阳瓮津，又遣来去运粮，涉海遭风，多有漂失。’臣勘责见在兵募，衣裳单露，不堪度冬者，给大军还日所留衣裳，且得一冬充事。来年秋后，更无准拟。陛下若欲殄灭高丽，不可弃百济土地。余丰在北，余勇在南，百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦相影响，若无兵马，还成一国。既须镇压，又置屯田，事藉兵士，同心同德。兵士既有此议，不可胶柱因循，须还其渡海官勋及平百济向平壤功效。除此之外，更相褒赏，明敕慰劳，以起兵募之心。若依今日以前布置，臣恐师老且疲，无所成就。臣又见晋代平吴，史籍具载。内有武帝、张华，外有羊祜、杜预，筹谋策画，经纬咨询。王浚之徒，折冲万里，楼船战舰，已到石头。贾充、王浑之辈，犹欲斩张华以谢天下。武帝报云：‘平吴之计，出自朕意，张华同朕见耳，非其本心。’是非不同，乖乱如此。平吴之后，犹欲苦绳王浚，赖武帝拥护，始得保全。不逢武帝圣明，王浚不存首领。臣每读其书，未尝不抚心长叹。伏惟陛下既得百济，欲取高丽，须外内同心，上下齐奋，举无遗策，始可成功。百姓既有此议，更宜改调。臣恐是逆耳之事，无人为陛下尽言。自顾老病日侵，残生讵几？奄忽长逝，衔恨九泉，所以披露肝胆，昧死闻奏。”
刘仁轨在文中陈述了唐军现在招募兵役中存在的问题，并详细分析了其中的利弊。认为府兵制和临时募兵制都不能适应国家的军事需要，如果突然发生战争，大唐将是没有兵备的国家，一蹴而倒的危险是存在的。
唐高宗见到奏章后，非常重视，立即派刘仁愿率兵渡海，接替刘仁轨及所部回国。但刘仁轨却不同意立即回国，并说明了自己的理由，他说：“国家悬军海外，欲以经略高句丽，其事非易。今收获未毕，而军吏与士卒一时代去，军将又归。夷人新服，众心未安，必将生变。不如且留旧兵，渐令收获，办具资粮，节级遣还；军将且留镇抚，未可还也。”
但刘仁愿却说：“吾前还海西，大遭谗谤，云吾多留兵众，谋据海东，几不免祸。今日唯知准敕，岂敢擅有所为！”
刘仁轨气愤地说：“人臣苟利于国，知无不为，岂恤其私！”
随后，刘仁轨再次上表陈述自己的理由，肯请留下继续镇守百济，并请求任命扶余隆为熊津都督，招抚其众。这些都得到了唐高宗的认可。
刘仁轨不单单在政治，军事上颇有见地，而且还为人刚正，常常犯言直谏，在唐高宗后期，武则天操纵朝政。弘道元年十二月，唐高宗病卒，武则天亲政。刘仁轨做为前朝元老，被加授特进。弘道元年十二月二十一日，刘仁轨再次出任尚书左仆射、同中书门下三品。
光宅元年二月初八，武则天废皇太孙李重照为平民，令刘仁轨专门主管西京留守事务。并写信给刘仁轨说：“昔汉以关中事委萧何，今托公亦犹是矣。”
刘仁轨见武则天临朝后，独断专行，于是便以年老体衰为由进行推辞。同时还陈述汉朝吕后祸败的事实，以此规谏对武则天。武则天见是刘仁轨规劝自己，知他年老体衰，不会有太大作为，便派秘书监武承嗣去抚慰他，并说：“今日以皇帝谅暗不言，眇身且代亲政。远劳劝诫，复表辞衰疾，怪望既多，徊徨失据。又云‘吕后见嗤于后代，禄、产贻祸于汉朝’，引喻良深，愧慰交集。公忠贞之操，终始不渝；劲直之风，古今罕比。初闻此语，能不罔然；静而思之，是为龟镜。且端揆之任，仪刑百辟，况公先朝旧德，遐迩具瞻。愿以匡救为怀，无以暮年致请。”
不但没有责备刘仁轨，不久，还将刘仁轨的爵位进封到了郡公。
此时的刘仁轨知道武则天势大，没有与她发生冲突，有时还为武则天做事。如裴炎入狱后，郎将姜嗣宗自洛阳出使长安，刘仁轨问他洛阳的情况如何，姜嗣宗说：“嗣宗觉裴炎有异于常久矣。”仁轨曰：“使人觉之邪？”曰：“然。”刘仁轨于是说：“仁轨有奏事，愿附使人以闻。”姜嗣宗很爽快的答应了，第二天，姜嗣宗带着刘仁轨的奏章返回洛阳，结果奏章中说的是“嗣宗知裴炎反不言。”武则天看后，将姜嗣宗绞死。
垂拱元年，武则天改革官制，刘仁轨改任文昌左相、同凤阁鸾台三品。正月二十二日，刘仁轨因病去世，享年八十五岁。武则天停朝三日，让京城中的各级官员，依次前去吊唁，并追赠开府仪同三司、并州大都督，陪葬乾陵，赐其家实封三百户。
刘仁轨出身贫寒，后虽身居显位，但从不矜倨。每次接见年轻时的旧友，都是穿着很朴素的衣服。当年任陈仓尉时，相工袁天纲曾对刘仁轨说：“君终当位邻台辅，年将九十。”后果如其言。
历史上的刘仁轨素以儒将称着，当时唯裴行俭能与其相比。史书称：“昔晋侯选任将帅，取其说《礼》《乐》而敦《诗》《书》，良有以也。夫权谋方略，兵家之大经，邦国系之以存亡，政令因之而强弱，则冯众怙力，豨勇虎暴者，安可轻言推毂授任哉！故王猛、诸葛亮振起穷巷，驱驾豪杰，左指右顾，廓定霸图，非他道也，盖智力权变，适当其用耳。刘乐城、裴闻喜，文雅方略，无谢昔贤，治戎安边，绰有心术，儒将之雄者也。”
虽然史书上，因为刘仁轨晚年之时服从武则天，对他的评价不算很高，但是杜睿却对这个华夏历史上，在战场之上第一个击败倭人的将军，分外推崇。
刘仁轨虽身为文官，但在古稀之年仍能为国家建功立业，非常难能可贵。白江口海战的胜利，也使刘仁轨成为中国战争史上为数不多海军名将。在与高丽、百济的战争中，大唐统治者对东征将领可谓精加选择，充分发挥了这些军事将领的指挥和作战才能。如薛仁贵“勇冠三军”，庞同善“持军严整”，高侃“勤俭自处，忠果有谋”，契苾何力“沉毅能断”、“有统御之才”，李绩“夙夜小心，忘身忧国”等，都是唐军将帅中的佼佼者。
而刘仁轨则更要高出一畴，他不但智勇双全，而且有较高的政治才能，虽然孤立百济，却能使当地百姓“大悦”，使自己立于不败之地，为战争的最后胜利起了重要作用。
可就是这个刘仁轨，就是这个被杜睿从一介不如品级的督粮小官，一下子提拔成副帅的人，如今居然因为心怀愤懑，要起兵谋反，回顾一下历史上那个文武双全，刚正不阿的刘仁轨，杜睿都怀疑，这两者是不是同一人。
在杜睿的计划中，刘仁轨可是占着很重分量的，如今大唐在平定了吐蕃之后，又将主要的精力转移到了中南半岛之上，但是在那之后，经略海外，可就是重中之重了，到那个时候，刘仁轨这个华夏历史上的第一位海军名将，还能没有用武之地。
可是如今刘仁轨居然要谋反，杜睿一想到这个，心中又是愤怒，又是悲伤，一个大唐的英雄，居然会为了名爵上的那点儿小事，选择谋反这条路，当真可悲可叹。
“睿郎！”
方才发生的一切，让汝南公主等人都是心怀惊惧，此时见局面已经被控制住了，这才上前，担心的问道：“睿郎！可是刘仁轨要谋逆！？”
杜睿没有回答汝南公主，而是看向了李治，道：“这就要问李公子了！”
李治被杜睿的眼神一打量，倒也不心虚，坦然道：“你说的不错，那刘仁轨确实曾向我暗示过，不过我以为他是得了你的授意，才来试探我的，谁知道他居然这么大的胆子！”
杜睿并不怀疑李治的话，闻言也没有再逼问什么，只是无所谓的一笑。
一旁的安康公主急道：“坏了！？睿郎！元春和孩子们！他们……”
杜睿一笑道：“不用担心，元春他们我都已经安排好了，想来此时已经到了船上，安全不用担心！”
杜睿做事一向谋定而后动，刚一到倭州，他就预感到了事情不妙，纵然后来知道那个天草四郎是个和他一样的重生者，可大唐在倭州驻守着十万大军，莫说是天草四郎这么个没有金手指，没开外挂的穿越众，即便是开了逆天修改器的，刘仁轨也不大可能剿灭不了，那么接下来唯一的解释自然就是刘仁轨养贼自重，别有所图。
杜睿既然已经怀疑到了刘仁轨的身上，自然不能拿着自己和家人的身家性命开玩笑，他这边随杜云莲到了李治的居所，另一边，元春等人则在四百飞虎军的护卫之下前往了冯茗的水军驻地。
杜睿则以身为饵，到底要看看刘仁轨打什么注意，果然和他想的不差，刘仁轨居然想着借倭人的手取他的性命，若是刘仁轨没有歹心的话，倭州多大的地方，近畿这里甚至比不得大唐的一个州，刘仁轨在倭州经营多年，怎么会不能及时发现有倭人要对他不利。
安康公主闻言，这才放心了些，接着又道：“睿郎！如今倭州，刘仁轨势大，到处都是他的人，我们该如何是好！”
杜睿一笑，道：“哪里是他的人，这些军士都是大唐军人，他们生是大唐的人，死是大唐的忠魂，可不是哪一家的私兵！”